Родилась 3 июля 1912 году в Москве. В 1941 году окончила Московский государственный педагогический институт. С 1931 года работала в Государственном историческом музее г. Москвы вплоть до выхода на пенсию в 1977 году. Сначала работала практикантом археологического отдела, уже через год, в 1932 году стала научным сотрудником отделов учета археологических материалов и с 1935 года в отделе древней истории. В 1974-1977 годах работала в отделе истории раннеклассовых и раннерабовладельческих государств, заведовала вторым археологическим отделом. В 1958 году получила должность внештатного старшего научного сотрудника сектора истории Чувашского научно-исследовательского института языка, литературы, истории и экономики при Совете Министров Чувашской АССР. Участвовала в археологических экспедициях в Поволжском регионе, работала в Саратовской, Куйбышевской, Ульяновской областях, в Чувашской и Мордовской АССР. С 1952 по 1955 год   работала в составе Куйбышевской археологической экспедиции. Экспедиция была организована Институтом Истории Материальной культуры АН совместно с Казанским филиалом АН, Государственным историческим музеем, Государственным музеем Татарии и Куйбышевской области. Экспедиция работала под руководством доктора исторических наук профессора А.П. Смирнова в зоне затопления ГЭС, начиная от Шигонского района Куйбышевской области, и заканчивая нижним течением р. Камы и казанским течением р. Волги в пределах ТАССР. В составе отряда работали: начальник отряда к.и.н. А.Е. Алихова, старший научный сотрудник Н.В. Трубникова (ГИМ), старшего научного сотрудника Государственного Эрмитажа В.П. Мизтнова, младший научный сотрудник ИИМК Л.Б. Артишевская, фотограф М.М. Зайцева. Летом 1950 года участвовала в обследовании и раскопках археологических памятников, расположенных в зоне затопления по течению р. Усы, начиная от с. Муранки и до устья. Были обследованы: комплекс XIII-XIV вв. у с. Муранки (Муранский могильник и селище); стоянка эпохи бронзы у д. Воскресенки, поселение золотоордынского времени у д. Печерские Выселки. Кроме этого, проведены разведочные раскопки могильника и селища золотоордынского времени у с. Березовки на левом берегу р. Усы; на правом берегу у п. Жигулиха расчищены обнаруженные в обнажении два поздних христианских погребения, а также осмотрены курганы у с. Комаровки. Летом 1951 года работы проводились на территории р. Усы Шигонского района Куйбышевской области. В задачу отряда входило продолжение раскопок на Воскресенском селище эпохи бронзы и на поселении 14 века у с. Печерские Выселки, а также разведки по левому берегу р. Усы между д. Воскресенской и с. Печерские Выселки на первой надпойменной террасе. В 1952 году отряд производил раскопки по нижнему течению р. Усы, начиная от с. Комаровки и ниже до устья. Всего было вскрыто около 987 м². были обследованы поселения у с. Комаровка, д. Актауши и на дюнах у с. Березовка, а также близлежащие курганы. В 1953 году продолжили работы по фиксации памятников по течению р. Усы. В 1954 году продолжили и закончили работы по фиксации памятников по течению р. Усы в Шигонском районе Куйбышевской области.

В целях планомерного и всестороннего исследования археологических памятников по инициативе Чувашского научно-исследовательского института весной 1956 года организуется Чувашская археологическая экспедиция. В её состав планировалось привлечь научных сотрудников Института истории материальной культуры (ИИМК) АН СССР (сейчас Институт археологии РАН), Чувашского НИИ, Чувашского краеведческого музея, Государственного исторического музея (Москва). Начальником экспедиции был утверждён заместитель директора ИИМК А.П. Смирнов. Финансирование ЧАЭ осуществлялось за счёт средств Чувашского НИИ и частично Чувашского краеведческого музея. Перед экспедицией была поставлена цель – исследование ранней истории и этногенеза чувашского народа на основе изучения памятников материальной культуры. В первые годы существования ЧАЭ отличительной чертой археологических исследований явился их комплексный характер: полевые работы велись силами нескольких отрядов, каждый из которых занимался планомерным и целенаправленным изучением памятников определённой эпохи. Работы ЧАЭ знаменовались важным открытием, обнаружением и исследованием нескольких десятков памятников археологии от мезолита до позднего средневековья. В 1956-1958 годах Н.В.Трубникова работала в качестве начальника 2-го отряда Чувашской археологической экспедиции. Отряд проводил в основном раскопки памятников раннего железного века и некоторых других эпох: Криушский комплекс памятников, Таутовский комплекс памятников, Изванкинское городище совместно с В.Ф.Каховским в 1956 году. В период с 1957 по 1958 года исследовали «Пăлаху», Досаевский комплекс памятников, Янымовское (Аптякпосьское) поселение «Хорăнсор сăрчĕ», один из Медякасинских (Янымовских) курганов, Иваньковский могильник, городища Мурзакасинского комплекса памятников и Чебаковского комплекса памятников, Адабайское городище, Малахайский комплекс памятников, Ягаткинское (Карман-Сирминское) городище «Пичке сăрчĕ», Сареевский комплекс памятников.

Отряд Н.В. Трубниковой в 1960-63 годах продолжил изучение Ягаткинского городища «Пичке сăрчĕ», вёл раскопки Ювановского комплекса памятников, Малояушского городища «Укся сют», Тиханкинского комплекса памятников, Тоганашских городищ и др. Н.В. Трубникова и Т.А. Кравченко в 1962 году при финансировании Чувашского НИИ провели раскопки городища (раннегородецкого - I тыс. до н.э.) «Укся Сют» у с. Малые Яуши Вурнарского района, Мамалаевского кургана балановской культуры, на городище «Усрав» (Кюстюмеры) и селища «Хула çырми» близ дер. Кюстюмеры в бассейне р. Малого Цивиля, разведочные работы в Шумерлинском и Вурнарском районах. В 1963 году проводились раскопки городища «Хула сучё» у школы дер. Тоганаши Красночетайского района («Тоганашское 2-е городище»). Были также проведены небольшие разведочные работы на городище близ этой же деревни («Тоганашское 1-е городище»); осмотрены два городища в Красночетайском районе: Калугинское «Карман ту» и Пчёлкинское «Хула сăмси».

В 1965 году Краеведческий музей Чувашской АССР организовал экспедицию под руководством Н.В. Трубниковой (от ЧКМ - А.С. Зерняева) для изучения археологических памятников в Марпосадском районе. Были проведены раскопки у дер. Новинское (ныне в черте г. Марпосада) на «Чёртовом городище (городище)» и «Малом Новинском городище». В экспедиции активное участие принимали сотрудники Государственного исторического музея Э.А. Фёдорова-Давыдова, А.С. Якубовский, Л.П. Матвеева, Л.М. Костюхина, Е.Г. Дозорец, В.И. Бурлаков, сотрудники Чувашского краеведческого музея А.С. Зерняева и А.Н. Львова, сотрудники ЧНИИ ЯЛИЭ П.Г. Григорьев, М.В. Румянцев, Л.А. Иванов.

В связи со строительством Чебоксарской ГЭС в 1969-1973 годах в Поволжье работала Чебоксарская новостроечная археологическая экспедиция Института археологии АН СССР (начальник экспедиции - сотрудник ИА АН СССР Ю.А. Краснов). Н.В.Трубникова в составе экспедиции участвовала на раскопках разновременных памятников Присурья (Ядринский район): поселение эпохи бронзы у дер. Никитино, Иваньковский древнемордовский могильник середины I тыс. до н.э., Новоядринский средневековый могильник. Основное внимание было уделено изучению памятников археологии в зоне затопления ГЭС. Большие работы велись с целью изучения культурного слоя в Чебоксарах. Итоги исследования опубликованы в книге Ю.А. Краснова и В.Ф. Каховского, где на богатом археологическом материале реконструируется общественная и хозяйственная жизнь древнего города. Были получены материалы, позволившие археологам отнести возникновение ремесленно-торгового пункта к рубежу XIII - XIV вв.

Своим основным направлением для научных изысканий Н.В. Трубникова выбрала городецкую культуру и рязано-окские могильники. Племенам этой культуры посвящена кандидатская диссертация, защищенная в 1951 году. Изучала городища и поселения городецкой культуры, балановско-фатьяновские поселения и курганы, болгарские селища, средневековые чувашские могильники. Памятники городецкой культуры на территории Чувашии выделила в северо-восточную локальную группу. Плодотворно сотрудничала с чувашскими археологами, музейными работниками, краеведами. В 1972 году Трубниковой Нине Владимировне за многолетнюю работу во благо науки было присвоено звание заслуженного работника культуры РСФСР.

Умерла 12 февраля 1997 года в Москве.